1935年6月，省立安徽大学农学院成立（安庆）。

1938年7月，因抗日战争爆发，被迫西迁，后停办。

1946年1月，恢复省立安徽大学，更名为国立安徽大学。

1952年9月，国立安徽大学一分为二，分别成立安徽师范学院、安徽农学院（芜湖）。

1954年9月，安徽农学院迁至合肥办学。

1958年9月，安徽农学院农学系设立畜牧兽医专业，招收兽医专业学生。

1959年9月，经省委批准，独立成立畜牧兽医系，下设畜牧、兽医两个专业，招收畜牧专业学生。

1961年6月，经省委农村工作部批复，畜牧兽医系更名为牧医系。

1961年9月，经省教育厅调整，重新更名为畜牧兽医系。

1965年4月，畜牧兽医系整体迁往凤阳与凤阳农业学校合并。

1965年10月，根据省农业厅要求，畜牧专业和兽医专业合并为畜牧兽医一个专业。

1978年2月，经省教育局同意，畜牧兽医专业又重新分设畜牧、兽医两个专业。

1980年10月，经省高教局同意设立兽医卫生检验专业并当年招生，学制4年。

1981年2月，牧医系从凤阳迁回合肥。

1994年4月，经省教委同意，成立畜牧水产学院。

1995年3月，安徽农学院更名为安徽农业大学。

1995年5月，经学校同意，畜牧水产学院成立动物科学系、动物医学系和水产系三个系。

1997年，获批预防兽医学硕士点。

1999年，获批基础兽医学硕士点。

2001年，获批临床兽医学硕士点，

2004年，畜牧水产学院更名为动物科技学院。

2004年，获批兽医硕士（非）全日制专业学位点。

2005年，获批兽医学一级学科硕士点。

2007年，获批国家级特色专业。

2013年，获批安徽省“地方性高水平大学建设”重点专业。

2015年，设动物性食品安全硕士点。

2016年，设动物病原生物学博士学位授权点。

2021年，获批国家一流本科专业（动物医学）建设点。

2024年7月，成立动物医学院。设立基础兽医学系、预防兽医学系、临床兽医学系和实验教学中心4个教学单位。

建系以来，为国家培养了近万名专业技术人才，校友遍及海内外，为国家建设做出积极贡献。